Informasi mengenai Marius Kogoya yang tersedia secara public sangatlah terbatas. Menurut laporan bulanan East Timor Action Network (ETAN) mengenai Papua Barat, Kogoya ditahan oleh pihak kepolisian Indonesia, bersama dengan Wetius Wenda, Tepenat Wenda, dan Dipenus Wenda, saat membagikan selebaran untuk mengajak masyarakat umum untuk memboikot pemilihan umum 5 April 2004. Mereka ditahan didaerah Bokondini, daerah pusat dataran tinggi papua. Artikel laporan tersebut tidak menyatakan tanggal terjadinya penahanan ini, tetapi sebuah email yang disirkulasikan oleh Koteka Prisoner Support melalui Yahoo Group, menyebutkan tanggal penahanan keempat orang tersebut tertanggal 29 Maret 2004.
Marius Kogoya ditembak mati saat berada dalam penahanan pihak kepolisian Indonesia. Menurut versi polisi, yang dilaporkan dalam koran setempat dan nasional, Cendrawasih Pos dan Jakarta Post, Kogoya melawan balik pada saat diinterogasi. Laporan oleh ETAN menyatakan pihak kepolisian berseru bahwa Kogoya sedang berusaha kabur dari penahanan saat tertembak mati. Pihak PolRi juga menyatakan bahwa keempat orang tahanan ini mengakui menjadi anggota OPM.
Sumber-sumber
ETAN / Robert F. Kennedy Memorial Center, “Papua Report April 2004”, April 2004, http://etan.org/issues/wpapua/rfk/04aprilwpap.htm
Koteka Prisoner Support, “West Papua Prisoner Support Week”, 6 May 2004, http://groups.yahoo.com/group/tribal-melanesia/message/1784
Cenderawasih Pos, “Keterangan Kapolsek Memberatkan Terdakwa”, 9 November 2004, http://groups.yahoo.com/group/Komunitas_Papua/message/2538
Jakarta Post, “Police Shoot Dead Separatist Ahead of Voting Day”, 5 April 2004, http://www.thejakartapost.com/news/2004/04/05/police-shoot-dead-separatist-papua-ahead-voting-day.html
Sekretariat Keadilan dan Perdamaian Keuskupan Jayapura, “Catatan Sosio-Politik No 10”, February 2005, http://www.hampapua.org/skp/skp02/ssp-10i.pdf
